最後の夏。友達。そして怪獣——。1989年夏、小学６年生のボコ、ジョー、ジュンイチは、小学生最後の夏休みを迎えていた。それぞれの心にある、将来に対する漠然とした不安。そんな３人の前に、在日米軍司令官の息子、ブロディが現れた。3人で貯めた現金をうばっていくブロディ。怒ったボコたちは、お金を取り返すための作戦を計画する。その作戦を実行しようとした時、町に危機が訪れる。怪獣ギャオスが突如、東京に襲来したのだ。ギャオスによって廃墟となった町に立ちすくむ４人。ギャオスが彼らに狙いを定めた時、巨大な怪獣が現れる。その名はガメラ。これが4人の「怪獣の夏」の始まりだった。次々と現れる怪獣。傷つきながらも戦うガメラ。そして少年たちは伝説を目撃する。